疟疾主要针对病原治疗。卵形疟、三日疟、间日疟常用到的药物主要有伯氨喹、氯喹，通常采用联合治疗的方式。

针对抗疟原虫的治疗，在临床上一般首选青蒿素、蒿甲醚以及青蒿琥酯。以上药物为中药制剂，比较适合儿童、孕妇等人群。副作用比较小，治疗效果也很不错。另外也可以使用乙胺嘧啶、奎宁等抗疟疾的药物进行治疗。

若患者同时出现高热症状，可以使用布洛芬或者对乙酰氨基酚进行降温处理。若患者出现呕吐和腹泻的症状，要及时给予补液治疗。若同时伴有贫血症状，需要适当地给患者补充铁剂。