大多数肺炎支原体感染者仅累及上呼吸道，在经过2到3周病情加重。临床表现为发热、全身不适、头痛和咳嗽。咳嗽是肺炎支原体感染的特点，在随后的一到两天，咳嗽的频率和严重程度增加。

肺炎支原体感染症状逐渐加重的特点，与流感和腺病毒呼吸道感染的急性发病有着明显的差别。5%到10%的肺炎支原体感染患者可进一步发展成为气管-支气管炎或肺炎，与患者的年龄有一定的关系。

在这一阶段，原先的临床表现仍然存在，咳嗽更加严重痰白色较少，偶有痰中带血。患者由于干咳比较剧烈，可出现胸骨旁胸腔疼痛。患者发热体温通常在37.8~38.5度之间，并伴有畏寒。