矮小症的危害主要是孩子表现为身材矮小、发育迟缓、代谢异常等，还有心理的自卑、自闭、孤僻，还会严重影响到社交能力等。如果是正常生长中发生变异引起的矮小症，一般不会造成其它系统发育不良。

如果是心理因素、生长激素缺乏、营养不良、性早熟、遗传代谢性疾病或者其它慢性疾病引起，很有可能会造成其它系统发育不良，比如骨骼系统等。

目前可以采取营养、运动，和心理治疗，以及根据孩子所缺乏的激素，给予相应的替代治疗，如果是一些疾病引起，需要对因治疗。