引起儿童斜视的原因有解剖因素、调节因素、融合功能异常、神经支配异常、感觉异常、遗传因素或者诱发因素。也可能几种因素共同作用。

解剖因素包括眼外肌先天发育异常、眼外肌附着位置异常、肌肉筋膜异常、眼球筋膜与眼眶发育异常等引起眼外肌力量不均衡，继而引起斜视。

存在明显屈光不正的，调节与辐辏间失去正常的相互平衡的协调关系，从而导致斜视。例如高度远视会引起内斜视，近视眼容易形成外斜视。先天性角膜混浊、白内障，黄斑发育异常、屈光参差过大等使双眼无法建立融合反射，以保持眼位平行，从而导致斜视。在视觉发育过程中，儿童受到惊吓、高热、脑外伤、营养不良等因素的干扰，可能影响高级条件反射的形成而导致斜视。