肛瘘用微创治疗效果不如开放性手术效果好，复发率比较高。

在临床上，肛瘘微创治疗的手术指证和手术方案的选择有一定的局限性，况且术后的复发率居高不下。常见的肛瘘微创手术方式有肛瘘栓填充术、纤维蛋白胶封堵肛瘘术、HCPT手术，术后容易复发。

对于肛瘘早期急性炎症期时形成脓肿，采用粗针头穿刺抽脓，反复使用广谱抗生素冲洗脓腔，注射抗生素至脓腔内，也属于微创手术范围。这些手术对于肛门直肠组织损伤小，不容易损伤到肛门括约肌，所以称之为微创手术。但是多是缓解症状，未彻底清除病因。