胚胎停止发育后选择药物流产还是清宫流产，需要医生根据女性的身体状况，以及怀孕的时间进行判断。

如果在怀孕49天内胚胎停止发育，可以先服用流产药物，如果药物流产失败，再进行清宫处理。如果怀孕70天以内，可以直接进行清宫处理。如果怀孕在70天以上，需要先服用流产药物促进胎儿排出，然后再进行清宫处理。

一旦确定胚胎停止发育后，需要及时的处理，以免长时间的呆在宫腔里面，容易导致凝血功能障碍，在清理时很容易出现大出血的情况。