感染贾第虫病药物治疗首先可以选择甲硝唑，一般服药三天以后，粪便当中的原虫就可以转为阴性了，症状会逐渐地消失。

呋喃唑酮也有一定的治疗效果，作用的原理是干扰细菌氧化还原酶，从而阻断细菌的正常代谢。也可以选用阿苯达唑来进行治疗，这在临床上被认为是一个很有前途的抗蓝氏贾第鞭毛虫的药物。

吡喹酮，这个在临床上还有待进一步的研究确定。其它药物，比如有替硝唑、尼莫唑、苦参浸膏片等，都有一定的治疗作用。

如果患者合并有细菌感染的时候，需要相应的给予抗生素，来进行抗感染治疗。