小孩肛门塞药的危害主要有以下几个方面：

1.导致肠道菌群的紊乱。如果长期给孩子进行肛门塞药，药物进入肠道后，会影响到肠道的菌群，导致肠道菌群的紊乱从而引发各种肠胃疾病。

2.导致肛门部位损伤。因为孩子的肛门部位皮肤本身就比较娇嫩，加上周围的毛细血管也比较丰富，在进行塞药的过程中，如果家长动作不规范或者力度过大，就容易划伤肛门部位的皮肤，导致流血、感染等现象。

3.造成心理阴影。在进行肛门塞药的时候，孩子如果比较紧张，会导致塞药的时候出现疼痛感，会给孩子留下心理阴影，害怕用药。