腰椎间盘突出微创手术有一定风险。由于腰椎间盘突出微创手术采用的是局部麻醉，因此基本可以避免麻醉意外，风险主要在于神经损伤和复发风险。

由于微创手术的位置在腰椎，手术过程中容易造成脊髓和腰椎管内神经根损伤。如果有术中损伤，后期会出现持续性腰疼和臀部及腿部疼痛，严重者还会导致双下肢肌肉萎缩，甚至瘫痪。

另一个风险在于复发风险。相对于开放手术，虽然微创手术的安全性提高了，但是由于手术视野变小，医生的操作难度也随之升高，难以彻底摘除病变腰椎间盘髓核，增高了手术后腰椎间盘突出复发的风险。