目前研究发现，导致胚胎停育的主要病因为有以下几种：

第一，胎儿的染色体突变导致胎停，是目前最主要的原因。

第二，夫妻双方年龄较大，导致精子、卵子质量不好，也是胎儿停育的主要危险因素之一。

另外，孕妇合并有子宫畸形、盆腔感染或者合并有免疫相关疾病，比如抗磷脂抗体综合征等。有的女性既往有自然流产史或者使用辅助生殖技术助孕或者孕期吸烟，经常饮用含有咖啡因或酒精类饮料或者孕妇肥胖、甲状腺功能不全等的因素，都是导致胎儿停育的危险因素。