胎儿畸形大部分是不会自动流产的，只有一少部分会出现阴道出血等先兆流产的症状。大部分胎儿外观及脏器畸形，是在孕期做彩超检查时发现的。也有的胎儿染色体畸形，是需要通过无创DNA检查或者羊水穿刺检查到的。

不管哪种畸形，孕妇大多都是去做正规的孕检，是没有临床症状的，所以也就不会自动流产掉。

对于没有存活可能的先天畸形，比如无脑儿、严重脑积水等，一经确诊，应立即行引产手术终止妊娠，比如药物引产或者行水囊引产等措施，以避免母亲受到损伤为原则，尽量经阴分娩。