关节镜手术一般不会留下后遗症，但毕竟是一种创伤性操作，少数会留下后遗症。

轻度的如切口的感染、裂开，关节的反复肿胀、疼痛，受凉或劳累后加重。由于关节内压力过高，出现膝关节周围皮肤的坏死，长时间的使用止血带。术后功能锻炼时间晚，出现下肢静脉血栓，甚至血栓脱落发生脑梗塞、肺栓塞或心肌梗塞。

严重的感染，发生膝关节化脓性关节炎、骨髓炎，长时间的不能治愈，出现关节的强直、功能丧失等。