肛门脓肿可以服用抗生素，而且肛门脓肿的主要用药治疗就是使用抗生素抗炎治疗，因为肛门脓肿是因为肛管直肠周围出现了化脓感染性的疾病。

由于肛门脓肿的感染大多为混合性感染，包括革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌以及厌氧菌，所以，肛门脓肿服用的抗生素应选择广谱抗生素以及抗厌氧菌的抗生素。临床上常用的有喹诺酮类的抗生素，包括氧氟沙星、左氧氟沙星以及头孢类抗生素等。而抗厌氧菌的抗生素主要有甲硝唑、奥硝唑等。

由于肛门脓肿感染大多比较严重，所以，需要联合使用抗生素，以达到最佳的抗炎治疗效果。