阴茎上起小红疙瘩并伴有疼痛的症状时，通常都是由于局部皮肤细菌感染所致，以毛囊炎最为常见，所以治疗上应从三方面进行：

1.消炎治疗。优先选择外用消炎药物治疗，可选用复方多粘菌素B软膏、金霉素软膏等药物涂抹阴茎皮肤，建议涂抹范围适当扩大，必要时可同时口服阿莫西林等抗生素消炎。

2.对症治疗。当患者疼痛的程度较重时，可适量口服止痛药物治疗，例如布洛芬胶囊，但不建议服用时间过长。

3.辅助治疗。保持阴茎清洁干燥，避免进食辛辣刺激食物，避免进行性生活，穿宽松内裤。