针对于马尔尼菲青霉病主要使用一些抗真菌的药物来对马尔尼菲青霉菌造成抑制，从而达到治疗的目的。其中最常使用的药物包括两性霉素b，以及氟康唑胶囊、伊曲康唑胶囊，这些药物可以从最小剂量开始尝试使用，逐渐的将剂量慢慢增大，药物可以一周用三次连续使用4~6个月。

如果效果不是特别好的时候，可以将氟胞嘧啶和两性霉素b联合使用，连续口服使用3~4次。在患者治疗期间要注意规律的饮食，尽量吃流食，并且可以做适当的锻炼。