牙周脓肿和瘘管的区别主要有以下几个方面：

1.形成原因不一样。牙周脓肿是因牙龈部位组织发炎化脓而引起的局限性化脓症状。而瘘管是由于脓肿所导致的连接体外与有腔器官之间的病理性通道。

2.病变部位不一样。牙周脓肿是指仅在牙齿周围出现的病理性改变。瘘管根据其出现部位的不同，可分为外瘘及内瘘两种，其可发生于口腔及消化道有腔器官之间。

3.治疗方式不一样。牙周脓肿根据其病情轻重，可给予脓肿切除术或翻瓣手术等手术方式进行治疗。而出现瘘管的患者则需根据病情给予彻底的手术治疗。