皮下囊肿的手术，一般属于比较小的门诊手术，可能需要600~1000元左右，因为有很多囊肿需要进行病理检查。

如果有些医院没有设立门诊手术室，在住院部进行手术治疗，则费用可能会适当增加，大概需要2000~3000元。

一些患者合并有基础疾病，比如糖尿病、高血压等，治疗费用也会适当延长。因此，费用不能一概而论，要根据患者自身的情况才能做出决定。皮下囊肿的手术一般属于比较小的手术，安全系数比较高。