蹼状阴茎的原因通常有两种，一种是先天性的，一种是后天造成的。大多数儿童蹼状阴茎是先天性的，一般儿童初期没有明显的不适感，其形成的重要原因是因为患儿阴茎腹侧和阴囊处的皮肤发育过程中相互粘连融合，使患儿的阴茎跟阴囊没有分离所导致的。

还有一种原因是后天造成的，比如手术引起的，生活中有极少数的患者可能是做包皮、包茎与其它手术过多地切除了阴茎腹侧的皮肤，使得阴囊皮肤上提造成了蹼状阴茎的外观。

蹼状阴茎患者除了影响美观外，在成年后还会有一些影响，会限制阴茎的勃起，还会造成性交困难，所以建议患者确诊后尽快手术治疗。