内分泌失调会引起偏头痛的发作。

部分患者是由于平时工作、学习、生活、家庭压力大，精神紧张、焦虑、睡眠不足、神经衰弱而造成内分泌失调而引起偏头痛。考虑偏头痛和大脑内的化学递质的失调有关系。

也有一部分多见于青春期的妇女，尤其是由于月经前后的妇女，由于体内的激素波动而引起内分泌紊乱导致偏头痛，主要是月经期内体内的雌激素水平波动有关，在更年期以后，头痛会逐渐地好转。