EB病毒感染大部分可自愈。

目前在临床上针对EB病毒感染缺乏特异性用药，其治疗以对症治疗为主，如果患者一般状态良好，不合并明显高热等全身体征，不合并明显并发症，其治疗以观察为主，大部分会在感染病程2~4周左右自愈。

如果感染患者合并其他器官感染并发症情况，如病毒性脑膜炎、病毒性肺炎、病毒性心肌炎等，则治疗周期相应延长，同时存在一定留有后遗症或小概率死亡风险，同时可增加患有鼻咽癌的患病风险。