抗包虫病使用的药物主要包括苯并咪唑类化合物，其中以甲苯达唑和阿苯达唑临床上应用最为常见，阿苯达唑作为治疗首选。

阿苯达唑药物的不良反应很少，而且很轻，偶尔可能发生可逆性的白细胞减少及一过性的转氨酶升高。如果发现转氨酶有升高，经过保肝治疗是可以痊愈的。但是，苯并咪唑类化合物有致畸形的作用，孕妇是禁忌的。

除了药物治疗外，包虫病可以进行手术治疗，这也是根治包虫病最有效的办法。可以剥除或者是切除包虫外囊，以减少并发症，降低手术复发率。其他手术方式，还包括内囊摘除术等。