引起婴儿癫痫的原因很多，产前因素包括胎儿脑发育异常、胎儿脑血管阻塞、先天性代谢缺陷或某些遗传性疾病。

怀孕期间服用一些激素类药物或麻醉剂会导致癫痫。癫痫可能与分娩过程中的各种产伤有关，难产可导致胎儿脑缺血、缺氧、脑外伤、颅内外感染。婴儿癫痫还可能与产后感染、颅内出血、缺血、缺氧性脑病，新生儿护理、导致病毒性、细菌性脑炎、高热损伤海马神经有关。

有些婴儿癫痫也可能与遗传因素有关，一旦确诊应积极治疗，避免或减少复发。