反复发作的肛瘘应该手术治疗。

肛瘘只有手术才能根治，保守治疗会反反复复，外口不断的有脓液溢出，有时外口闭合脓液不能溢出，会出现肛周疼痛，脓液会向周围的间隙扩散，形成新的外口和肛瘘，由一个外口的单纯性肛瘘演变为多个外口的复杂性肛瘘，给后期手术带来困难。

肛瘘长期不治还有恶变的可能，外口流脓会使肛周潮湿产生瘙痒和湿疹，所以得了肛瘘要尽早进行手术治疗。