会厌囊肿手术治疗采用二氧化碳激光切除术或者等离子切除术。手术后会厌创面是会留下少许疤痕的，但是不会影响外观，因为这个伤口是在喉咙里面。

手术后康复期间，不要吃太硬的食物，可以吃流质、半流质，吃完以后用温水漱口，喝几口温开水，把食物残渣冲干净，以免伤口感染。会厌囊肿手术相对来较容易，一般不会留下其他后遗症，除非会厌囊肿比较大，切除的范围比较大，手术后可能会有咽喉干燥的症状。

会厌囊肿手术后的恢复时间和囊肿的大小有关系，大概在手术后4周能完全恢复。但是对于个人免疫力较弱的患者，可能需要5~6周，甚至更久。