新冠肛拭子和咽拭子的区别，只是采样的部位不同。检查的都是新冠病毒的核酸，检查方法是相同的。

咽拭子是采集咽部周围的标本，包括鼻咽拭子和口咽拭子两种。人群筛查主要以口咽拭子为主，鼻咽拭子因为会有明显的不适感，所以并不常采用。肛拭子是在肛门内采集标本，用于对密切接触者的筛查，是为了提高阳性率，防止漏诊。

肛拭子阴性也是阳性患者解除隔离的标准之一。但是肛拭子的检查，因为要求私密性，对场地有比较严格的要求，所以肛拭子并不能用于大面积的人群筛查。