新型冠状病毒核酸检测，往往采用实时荧光RT-PCR的方法，检测核酸或进行基因测序。

患者取鼻咽部或口咽部的分泌物，立即放入到新型冠状病毒核酸检测的标本试管中，标本要尽快送到实验室。实验室会对采集的标本提取RNA后，进行实时荧光RT-PCR检测新型冠状病毒核酸。也可以进行基因测序检测，检测出与目前新型冠状病毒基因组高度同源即可以确诊。

这两种方法检测阳性，均可以诊断为新型冠状病毒肺炎确诊病例，是临床上新型冠状病毒感染，确诊的金标准方法。