食管癌分为早期食管癌和晚期食管癌。早期食管癌分为隐伏型、糜烂型、斑块型和乳头型，其中隐伏型最早，为原位癌，乳头型相对较晚。

晚期食管癌分为髓质型、蕈伞型、溃疡型和缩窄性，以髓质型最多见，约占60%。

组织学分类分为鳞状细胞癌、腺癌、小细胞未分化癌和癌肉瘤，其中鳞状细胞癌占我国食管癌绝大多数，达90%以上，腺癌占5%左右，小细胞未分化癌更少见，美国白人和黑人鳞癌的发病率正在下降，而腺癌正在增加，西方其他几个国家的食管癌也在增加。