霉菌和细菌在严重性上各有特点，具体取决于感染类型、宿主免疫状态以及治疗手段。细菌感染通常更常见且可能快速危及生命，但霉菌感染在特定人群如免疫力低下者中可能更棘手，治疗难度更大。两者严重性无法直接比较，关键取决于具体情境。
细菌感染在临床中更为普遍，例如肺炎、败血症或尿路感染，可能迅速引发全身炎症反应，导致器官衰竭甚至死亡。抗生素的广泛使用使得多数细菌感染可控，但耐药性问题日益严峻，如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌MRSA或耐药结核杆菌，增加了治疗难度。相比之下，霉菌感染如曲霉病、念珠菌病多见于免疫缺陷患者，例如艾滋病或化疗后人群。霉菌生长缓慢，症状隐匿，诊断常被延误，且抗真菌药物种类有限，副作用较大。例如侵袭性曲霉病死亡率可达50%以上，远高于许多细菌感染。
区分细菌与霉菌感染需依赖实验室检查，如培养或PCR检测，误诊可能导致治疗失败。预防措施包括合理使用抗生素、避免免疫抑制药物滥用，以及高危人群的环境防护如减少霉菌孢子暴露。无论哪种感染，早期干预和个体化治疗是关键，患者需严格遵循医嘱，不可自行用药。
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