尿道分泌物检查的最佳时间是在出现异常症状后24小时内，尤其是晨起第一次排尿前。此时分泌物积聚较多，更容易采集到足量样本，提高检测准确性。对于淋球菌、衣原体等病原体检测，症状初期分泌物中病原体载量较高，检出率更理想。若存在尿痛、尿道口红肿或分泌物增多等症状，应立即就医检查，避免延误诊断。
尿道分泌物检查的时机选择需结合临床症状与检测目的。急性感染期分泌物量多且性状典型，如淋病奈瑟菌感染后2-5天分泌物呈脓性，此时直接涂片镜检阳性率可达90%以上。对于慢性或无症状感染，如支原体尿道炎，可结合尿常规异常如白细胞酯酶阳性或PCR检测需求灵活安排，但建议避开抗菌药物使用后48小时内，以免抑制病原体导致假阴性。性行为后72小时内出现症状者需特别提示医生暴露史，部分病原体如衣原体的潜伏期会影响检测窗口期判断。
检查前需注意避免自行服用抗生素，停药至少3天后再采样。采样前1小时勿排尿，保持尿道口清洁但不可使用消毒剂。淋球菌检测需保温送检，衣原体检测需专用保存液。妊娠期女性需告知医生，部分检测方法可能受限。重复检测建议间隔2周以上，避免创伤性操作导致假阳性。结果解读需结合临床症状，无症状携带者可能需多次复核。
