激光去扁平疣是否留疤不能一概而论，通常如果操作得当且术后护理良好，留疤的可能性较小，但也存在留疤的风险。
激光治疗扁平疣是利用激光的光热效应，使疣体组织瞬间气化或碳化，从而达到去除疣体的目的。对于一些较浅、较小的扁平疣，激光作用的深度较浅，对周围正常组织的损伤较小。在这种情况下，如果患者不是瘢痕体质，并且在术后能够严格遵循医生的嘱咐进行护理，如保持创面清洁、避免沾水、防止感染等，创面通常会顺利愈合，一般不会留下明显的疤痕。如果扁平疣的疣体较大、较深，激光治疗时需要作用到较深的层次才能彻底去除疣体，可能会对真皮层造成一定的损伤。真皮层中的胶原蛋白和纤维组织在修复过程中可能会出现异常增生，从而形成疤痕。如果患者是瘢痕体质，即使是较小的创面也容易形成增生性疤痕或瘢痕疙瘩。而且术后如果创面发生感染，也会增加留疤的几率，因为感染会干扰创面正常的愈合过程，导致组织修复异常。
