厌氧菌感染的治疗主要采用抗生素结合外科清创、引流等综合措施。由于厌氧菌生长环境特殊，需选用针对性的药物，如甲硝唑、克林霉素、碳青霉烯类等，同时根据感染部位和严重程度调整方案。早期诊断和干预对预后至关重要，延误可能导致组织坏死、脓肿形成甚至败血症。
治疗厌氧菌感染需根据细菌类型和药敏结果选择抗生素。甲硝唑对大多数厌氧菌有效，尤其是脆弱拟杆菌，常用于腹腔、盆腔感染。克林霉素覆盖部分革兰阳性厌氧菌，但需注意耐药性。碳青霉烯类如美罗培南广谱强效，适用于重症或混合感染。对于肺部感染，可联合β-内酰胺类酶抑制剂如阿莫西林-克拉维酸。外科干预同样重要，如切开引流脓肿、清除坏死组织，以改善缺氧环境，避免感染扩散。辅助治疗包括高压氧疗用于气性坏疽和支持疗法，如维持水电解质平衡。
治疗时需警惕药物不良反应。甲硝唑可能引起胃肠道不适或神经系统症状，用药期间禁酒。克林霉素有腹泻风险，严重时可诱发伪膜性肠炎。长期使用广谱抗生素可能导致二重感染，需监测真菌或耐药菌出现。药敏试验指导用药可减少耐药，避免经验性用药的盲目性。患者需完成全程治疗，防止复发。特殊人群如孕妇、肝肾功能不全者需调整剂量。预防措施包括及时清创污染伤口、规范手术操作，减少厌氧菌滋生条件。
