16岁男孩阴茎短小可考虑青春期发育延迟、遗传因素影响、激素水平异常、肥胖导致隐匿阴茎、心理因素干扰。具体分析如下：
1.青春期发育延迟：16岁仍处于青春期发育阶段，部分人群第二性征出现较晚，阴茎可能尚未完成生长，需观察1-2年并结合骨龄评估发育潜力，若伴随睾丸体积过小或阴毛稀疏需排查发育异常。
2.遗传因素影响：家族中男性成员若存在阴茎偏小的情况，可能与遗传基因相关，此类情况通常不影响正常生理功能，无需过度干预，但可通过专业测量确认是否低于正常范围。
3.激素水平异常：睾酮分泌不足或促性腺激素低下可能导致阴茎发育迟缓，需检测性激素六项及垂体功能，明确原因后可通过补充激素治疗促进发育，但需严格遵循医嘱避免副作用。
4.肥胖导致隐匿阴茎：腹部脂肪堆积会使阴茎埋藏于皮下，外观显短小，实际长度正常，建议控制体重并结合外翻测量确认，必要时通过减脂或手术矫正改善外观。
5.心理因素干扰：焦虑或错误认知可能放大对尺寸的关注，需排除实际测量数据异常，若确属正常范围可通过心理疏导缓解压力，避免过度比较或盲目使用非正规疗法。
阴茎尺寸受多重因素影响，需结合专业检查判断，避免自行用药或手术。保持健康的生活习惯，及时就医明确原因，多数情况可通过科学方式改善或适应。
