胡黄连和黄连虽然名称相似，但属于不同药材，功效和适用病症存在差异，因此不能简单替代。胡黄连为玄参科植物胡黄连的根茎，性寒味苦，归肝、胃、大肠经，擅长退虚热、除疳热、清湿热，常用于阴虚发热、小儿疳积及湿热泻痢。黄连则为毛茛科植物黄连的根茎，性寒味苦，归心、脾、胃、胆、大肠经，以清热燥湿、泻火解毒见长，主治高热神昏、心烦呕吐、湿热痞满及痈肿疮毒。两者虽均有清热作用，但核心功效与临床应用方向不同。
从成分与药理看，胡黄连含环烯醚萜苷类成分，如胡黄连苷，具有保肝利胆、抗炎镇痛作用；黄连则以小檗碱、黄连碱等生物碱为主，抗菌、抗病毒效果显著。现代研究证实，黄连对肠道感染、幽门螺杆菌等病原微生物抑制效果突出，而胡黄连更适用于慢性消耗性疾病或肝胆系统炎症。若在治疗小儿疳积或结核病低热时误用黄连，可能因过度苦寒伤及脾胃；反之，用胡黄连替代黄连处理急性细菌性痢疾，则可能因药力不足延误病情。
需注意两者禁忌与副作用差异。黄连大苦大寒，长期使用易导致胃肠不适或肠道菌群紊乱；胡黄连对虚寒体质者可能加重腹泻。临床替换需严格遵循辨证原则，尤其孕妇、儿童等特殊人群应在医师指导下用药。药材市场存在伪品混淆现象，如以味连冒充胡黄连，购买时需鉴别性状差异，避免误用。
