早上起来上厕所肚子疼可能是腹部着凉、肠道痉挛、肠道感染、便秘、泌尿系统结石等原因导致的。具体分析如下：
1.腹部着凉：如果夜间睡眠时腹部没有盖好被子，着凉后可能会引起胃肠道的应激反应，导致肚子疼。着凉会使胃肠道蠕动加快或者痉挛。一般这种疼痛多为阵发性，程度轻重不一。可以通过喝些温水、用热水袋热敷腹部来缓解症状，平时睡觉时要注意腹部保暖。
2.肠道痉挛：肠道痉挛可能是由于多种因素引起，比如饮食不当，吃了生冷、辛辣等刺激性食物，或者精神紧张等。肠道平滑肌强烈收缩就会引发痉挛性疼痛。疼痛通常比较剧烈，呈阵发性绞痛。要避免食用刺激性食物，保持心情舒畅，疼痛发作时可采取腹部按摩的方式缓解。
3.肠道感染：细菌、病毒等微生物感染肠道后，会引发炎症反应。炎症刺激肠道黏膜，导致肚子疼，同时可能伴有腹泻、恶心、呕吐等症状。感染源可能是不洁饮食或者接触了被污染的物品。需要根据感染类型进行相应的治疗，如细菌感染可使用抗生素，同时要注意补充水分和电解质。
4.便秘：如果存在便秘情况，粪便在肠道内积聚，会使肠道扩张，刺激肠道神经引起肚子疼。这种疼痛多为胀痛，在下腹部较为明显。平时要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果、粗粮等，养成良好的排便习惯。
5.泌尿系统结石：泌尿系统结石在移动过程中可能会刺激尿路组织，引起肚子疼，疼痛往往比较剧烈，可向会阴部放射。结石的形成与代谢异常、饮水过少等因素有关。需要根据结石的大小、位置等采取不同的治疗方法，如药物排石、体外冲击波碎石等。
日常生活中要注意保持良好的饮食习惯，规律作息，避免过度劳累和精神紧张。如果肚子疼持续不缓解或者伴有发热、便血等严重症状，应及时就医。
