膀胱结石手术风险总体来说不算很大，但也存在一定风险。
膀胱结石手术在现代医学技术下已经是比较成熟的手术方式。对于大多数患者而言，如果身体状况良好，没有严重的基础疾病，如严重的心肺功能不全、凝血功能障碍等，手术通常能够顺利进行。传统的开放性膀胱取石术虽然创伤相对较大，但在经验丰富的医生操作下，也能较好地控制风险，主要风险包括术中出血、术后伤口感染等。而目前应用更为广泛的经尿道膀胱镜下碎石取石术，属于微创手术，避免了较大的腹部切口，大大减少了术中出血、术后疼痛和感染的风险，患者恢复也更快。不过，这种微创手术也并非毫无风险，例如可能会出现膀胱穿孔、尿道损伤等情况，但这些并发症的发生率相对较低。
从患者个体差异来看，如果患者年龄较大，身体机能衰退，存在多种基础疾病，手术风险会相应增加。比如老年患者可能伴有高血压、冠心病等心血管疾病，手术中的麻醉和操作刺激可能会引发心血管意外。另外，一些患有糖尿病的患者，术后伤口愈合可能会受到影响，容易发生感染且较难控制。同时，如果膀胱结石较大、形状不规则或者存在时间较长，与膀胱黏膜粘连严重，也会增加手术的难度和风险，如在取石过程中可能会造成膀胱黏膜的过度损伤，增加术后血尿、膀胱痉挛等并发症的发生几率。但随着术前评估的完善、手术技术的不断提高以及术后护理的加强，膀胱结石手术的安全性也在不断提高。
