肾结石打孔术存在一定风险，但随着医疗技术的不断发展，风险在可控范围内。
肾结石打孔术，也就是经皮肾镜取石术，是一种治疗肾结石的有效手段。并非毫无风险。手术过程中可能出现出血的情况，肾脏是一个血运丰富的器官，在打孔建立通道以及取石操作时，有可能损伤到肾内血管，导致出血。如果出血量大，可能需要输血治疗，甚至可能要进行二次手术止血。另外，手术还有可能造成周围脏器的损伤，比如损伤到胸膜、肠管等。由于肾脏与胸腔、腹腔的脏器在解剖位置上较为临近，操作不当就容易波及。而且术后还存在感染的风险，肾脏内部的感染如果控制不佳，可能引发全身性的败血症等严重并发症，危及患者生命。同时，打孔术后还可能存在结石残留的问题，这可能需要进一步的治疗或者再次手术。
从患者自身的角度来看，一些患有基础疾病的患者，如高血压、糖尿病等，进行肾结石打孔术时风险会相对更高。高血压患者在手术中血压可能出现波动，影响手术进程和术后恢复；糖尿病患者伤口愈合能力较差，术后感染的几率也会增加。不过，目前在正规的医疗机构，医生会在术前对患者进行全面的评估，包括身体状况、结石的大小、位置等，制定详细的手术方案，术中也会运用先进的设备和技术尽量减少风险，术后密切监测患者的各项指标，以确保患者的安全和康复。
