乙肝的鉴别诊断需要与其他病毒性肝炎、非病毒性肝病及全身性疾病引起的肝损伤进行区分。
病毒性肝炎中，甲肝、丙肝、丁肝和戊肝需与乙肝鉴别。甲肝和戊肝主要通过粪-口传播，起病急，多为自限性，血清学检测可发现特异性抗体。丙肝主要通过血液传播，慢性化率高，需检测HCVRNA及抗-HCV抗体。丁肝为缺陷病毒，依赖乙肝病毒复制，需同时检测HBV和HDV标志物。非病毒性肝病如酒精性肝病、药物性肝损伤、自身免疫性肝炎及代谢性肝病如Wilson病、血色病也需排除。酒精性肝病有长期饮酒史，AST/ALT比值常＞2。药物性肝损伤需详细询问用药史，停药后肝功能可能改善。自身免疫性肝炎多见于女性，抗核抗体或抗平滑肌抗体阳性，IgG升高。代谢性肝病需结合铜蓝蛋白、铁代谢等检查。全身性疾病如EB病毒、巨细胞病毒感染、钩端螺旋体病及败血症等也可引起肝损伤，需结合临床表现及病原学检测鉴别。
鉴别诊断时需综合分析病史、体征、实验室及影像学结果。乙肝血清学标志物HBsAg、HBeAg、抗-HBc等是诊断核心，但需注意窗口期或隐匿性感染可能。肝功能异常需排除其他病因，避免误诊。影像学检查有助于发现肝硬化或肝癌，但需结合其他指标。动态监测病情变化对鉴别慢性乙肝与其他肝病尤为重要。
