脚缝长囊肿可能会带来一定危害，但具体危害大小因囊肿的性质、大小、是否感染等多种因素而异。
脚缝长囊肿首先可能影响脚部的正常功能。囊肿的存在会占据一定空间，在行走、跑步或进行其他脚部活动时，囊肿可能会受到挤压，产生疼痛，这种疼痛会限制脚部的活动范围和灵活性，影响正常的行走姿态，长时间可能导致身体其他部位的代偿性改变，比如膝关节、髋关节受力不均等。如果囊肿较大，还可能压迫周围的神经、血管等结构。压迫神经可能引起局部麻木、刺痛，甚至影响到下肢的感觉和运动功能；压迫血管则会影响脚部的血液循环，导致局部皮肤发凉、发紫，严重时可能引起局部组织缺血坏死。另外，囊肿如果发生感染，会出现红肿、发热、疼痛加剧等症状，感染若不及时控制，可能会蔓延，引发更严重的全身性感染，如败血症等，这对身体健康的危害极大。
从长远来看，脚缝囊肿如果长期不处理，还可能导致囊肿周围组织的粘连、变性等。囊肿的慢性刺激会使周围的肌肉、肌腱、筋膜等组织发生炎症反应，产生瘢痕组织，进一步影响脚部的正常结构和功能。而且，由于脚缝部位相对隐蔽，容易受到摩擦、汗液浸渍等影响，这也增加了囊肿发生恶变的潜在风险，虽然恶变的几率较低，但一旦发生，预后往往较差，会严重威胁生命健康。
