甲流患者晚上发烧白天不发烧可能与人体的生理节律以及甲流病毒感染后的机体反应特点有关。
人体的生理机能在一天中是有节律变化的。晚上的时候，人体的交感神经兴奋性相对白天会降低，而副交感神经的作用相对增强。副交感神经兴奋可能会导致身体的一些机能状态发生改变，例如新陈代谢速度、血液循环等。这种状态下，机体的免疫调节功能可能会受到一定影响，使得甲流病毒引发的炎症反应在晚上更容易表现出体温升高的症状。同时，晚上人体处于休息状态，活动量减少，散热也相对减少，这有利于体温的升高。
从甲流病毒感染后的机体反应来看，病毒入侵人体后会引发免疫系统的应答。在这个过程中，免疫系统会释放如白细胞介素-1、肿瘤坏死因子等细胞因子，这些细胞因子会作用于下丘脑的体温调节中枢，导致体温调定点上移，从而引起发热。白天的时候，人体可能会因为各种活动，如饮水、进食、活动等，对身体的体温调节产生一定的干扰。而且白天人体的免疫系统可能处于一种相对更积极的应对外界环境的状态，对于甲流病毒引发的炎症反应有一定的抑制或者平衡作用，使得体温不至于升高。而到了晚上，身体相对安静，这种免疫平衡可能会被打破，炎症反应相对增强，进而出现发烧的情况。
