自身免疫性脑炎部分患者能治愈，但也有部分患者可能遗留一定程度的后遗症或病情反复。
自身免疫性脑炎是一类由自身免疫机制介导的脑炎。其预后与多种因素相关，包括患者的年龄、基础健康状况、病情严重程度、是否及时诊断和治疗等。对于早期诊断并积极给予免疫治疗如糖皮质激素、免疫球蛋白、血浆置换等以及针对病因治疗如肿瘤切除等的患者，很多可以获得较好的治疗效果，症状能够明显缓解甚至完全消失，达到临床治愈。一些患者由于病情较重、延误诊断或存在基础疾病等原因，可能治疗效果欠佳，虽然经过治疗病情可以有所改善，但可能会遗留认知障碍、癫痫发作、精神行为异常等后遗症。还有部分患者在治疗后可能会出现病情复发，需要再次进行治疗。自身免疫性脑炎的康复还需要综合的康复治疗和长期的随访管理，以帮助患者尽可能恢复功能，提高生活质量。患者和家属也需要了解疾病的特点和注意事项，积极配合治疗和康复。自身免疫性脑炎的预后具有一定的个体差异，不能一概而论地说能否完全治愈，但通过及时规范的治疗和管理，多数患者的病情可以得到有效控制和改善。
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