巨膀胱小结肠蠕动不良能否治好不能一概而论，部分患者经过积极治疗可以得到较好的改善甚至治愈，但也有一些情况预后不佳。
巨膀胱小结肠蠕动不良是一种较为复杂的先天性疾病。对于一些病情相对较轻，发现较早的病例，如果能及时进行有效的干预，是有治愈希望的。例如，在胎儿期通过产前检查发现异常后，出生后可以根据具体情况进行手术治疗。如果是泌尿系统梗阻导致的巨膀胱，解除梗阻后，膀胱可能逐渐恢复正常大小和功能；对于肠蠕动不良的情况，也可以通过营养支持、药物促进肠道蠕动等手段来改善肠道功能。同时，随着现代医学技术的不断发展，如新生儿重症监护技术、先进的外科手术技术以及术后精心的护理等，都为提高治愈率提供了可能。
在一些严重的情况下，如合并多种严重的先天性畸形，或者疾病已经对器官功能造成了不可逆的损害，治疗起来就非常困难，难以完全治愈。比如，当巨膀胱导致膀胱肌肉严重受损，失去正常的收缩和舒张功能，即使解除了病因，膀胱功能也难以完全恢复正常。肠道如果长期蠕动不良，可能会引起肠道发育不良、营养不良等一系列并发症，进一步影响患者的生长发育和健康状况。而且，这类疾病的治疗往往需要多学科的协作，包括泌尿外科、小儿外科、消化内科等，任何一个环节出现问题都可能影响治疗效果。治疗过程中还可能面临感染、器官功能衰竭等风险，这些都会对预后产生不良影响。
