瓜蒌和瓜蒌仁可以一起使用，两者同源但功效各有侧重，配伍应用能增强疗效。瓜蒌为葫芦科植物栝楼或双边栝楼的干燥成熟果实，瓜蒌仁则为其种子，二者均属化痰止咳药，但瓜蒌偏于宽胸散结、润肠通便，瓜蒌仁长于润燥化痰、滑肠通便，合用可协同发挥清热化痰、润肠通便的作用。
从中医理论看，瓜蒌与瓜蒌仁的配伍具有合理性。瓜蒌全瓜入药时称为全瓜蒌，包含果皮、种子及瓤，性味甘寒，归肺、胃、大肠经，擅长清热涤痰、宽胸散结，常用于痰热咳喘、胸痹心痛等症。瓜蒌仁则富含油脂，润肺化痰的同时更侧重润肠通便，对燥咳痰黏兼肠燥便秘者尤为适宜。两者同用可兼顾上中二焦痰热与大肠燥结，如《伤寒论》中小陷胸汤即以瓜蒌为主药，配伍黄连、半夏治疗痰热互结之证，若加入瓜蒌仁可增强润下之功。现代研究也证实，瓜蒌含三萜皂苷等成分，具有扩张冠状动脉、抗心律失常作用；瓜蒌仁的脂肪油则能润滑肠道，促进排便。
需注意瓜蒌与瓜蒌仁性寒滑利，脾胃虚寒或大便溏泄者慎用，以免加重腹泻。孕妇需在医师指导下使用，因瓜蒌仁可能刺激肠蠕动。两者均不宜与乌头类药材同用，属于中药十八反禁忌。瓜蒌仁捣碎后煎煮更利于有效成分溶出，而瓜蒌切片不宜过厚，以免影响药效析出。临床用量需根据证候调整，瓜蒌常用10-20克，瓜蒌仁6-15克，过量可能引起恶心、腹痛等不良反应。
