阴茎畸形的发病率相对不高。
阴茎畸形包含多种类型，如阴茎弯曲、阴茎短小、双阴茎、隐匿阴茎等。从整体人群来看，每一种单独的阴茎畸形类型在人群中的占比都比较小。例如阴茎弯曲，多数情况下是由于先天性的尿道海绵体发育异常或者阴茎海绵体白膜发育异常所导致，在男性中的发病率大约在3%-9%左右。而像双阴茎这种极为罕见的畸形，发病率可能仅为百万分之一左右。阴茎短小症的发病率也不高，可能是由于下丘脑-垂体-性腺轴功能异常、雄激素分泌不足或者染色体异常等多种因素引起，在男性群体中占比相对较少。隐匿阴茎则主要是因为阴茎肉膜发育异常等因素，发病率也并非很高。
阴茎畸形的发病率受到多种因素的影响。从先天性因素方面，遗传因素在部分阴茎畸形发病中起到一定作用，如果家族中有阴茎畸形的患者，后代发生类似畸形的风险可能会有所增加，但总体而言这种遗传相关的发病率增加幅度有限。在胚胎发育过程中，母体的环境因素也可能影响胎儿阴茎的正常发育，例如母亲在孕期接触有害物质、服用某些可能致畸的药物或者感染某些病毒等，但这些因素导致阴茎畸形的情况也并不常见。从后天因素来看，外伤可能导致阴茎畸形，但在日常生活中，能够引起阴茎严重畸形的外伤事件相对较少发生。某些疾病如佩罗尼病阴茎海绵体硬结症可引起阴茎弯曲畸形，但这种疾病的发病率也不高。
