神曲具有一定的止泻作用。作为传统中药材，神曲含有多种消化酶和发酵成分，能改善消化不良引起的腹泻症状，通过促进食物分解和调节肠道功能缓解轻度腹泻。神曲并非对所有类型腹泻都有效，其作用主要集中在消化系统失调引发的症状上。
神曲的止泻机制与其发酵工艺密切相关。由辣蓼、青蒿、杏仁等药材与面粉混合发酵制成的神曲，含有淀粉酶、蛋白酶等活性成分，可加速食物分解，减少未消化物质对肠道的刺激。对于食积腹胀伴随的腹泻，神曲能通过消食化积间接改善症状。现代研究证实，神曲中的微生物代谢产物可调节肠道菌群平衡，抑制部分致病菌生长，这对细菌性腹泻可能产生辅助效果。但严重感染性腹泻或病毒性腹泻仍需针对性治疗。
使用神曲止泻时需严格辨证。风寒型腹泻或脾胃虚寒者慎用，发酵制品可能加重症状。急性细菌性痢疾等感染性腹泻必须配合抗生素，单用神曲可能延误病情。孕妇及过敏体质者应在医师指导下使用。神曲与抗生素同服时需间隔2小时以上，避免微生物成分被破坏。贮藏不当发霉变质的神曲会产生毒性，切忌使用。儿童用量需减半，持续腹泻超过3天或伴发热、血便应立即就医。中药配伍方面，神曲常与山楂、麦芽等消食药同用增强疗效，但不宜与滋补类中药同时服用。
