黄药子和山慈菇的区别在于来源不同、药用部位不同、性味归经不同、功效主治不同、使用禁忌不同。具体分析如下：
1.来源不同：黄药子为薯蓣科植物黄独的干燥块茎，主产于我国南方地区，山慈菇为兰科植物杜鹃兰或独蒜兰的干燥假鳞茎，多分布于西南及长江流域。黄药子采挖后需除去须根并切片晒干，山慈菇则需洗净蒸透后干燥。两者虽均为多年生草本植物，但科属差异显著，生长环境与采收方式亦有区别。
2.药用部位不同：黄药子以块茎入药，呈扁圆形或不规则厚片，表面棕黑色，断面黄白色，质地坚硬。山慈菇以假鳞茎入药，呈圆锥形或扁球形，表面黄棕色，具纵皱纹，顶端有芽痕。两者形态特征迥异，黄药子块茎肥厚，山慈菇假鳞茎较小且顶端常带残留茎基。
3.性味归经不同：黄药子性平味苦，归肺肝经，具有散结消瘿、清热解毒之效。山慈菇性凉味甘微辛，归肝胃经，长于化痰散结、解毒消肿。两者均能解毒散结，但黄药子偏于平性，山慈菇偏于凉性，归经侧重亦有差异。
4.功效主治不同：黄药子主治瘿瘤瘰疬、疮疡肿毒、毒蛇咬伤，现代多用于甲状腺疾病。山慈菇主治痈疽疔毒、瘰疬痰核、虫蛇咬伤，尤擅治疗乳痈与淋巴结核。黄药子散结力强，山慈菇解毒功专，临床适应症存在明显区别。
5.使用禁忌不同：黄药子内服过量易致肝损伤，需严格控制剂量，孕妇及肝功能异常者禁用。山慈菇无明显毒性，但脾胃虚寒者慎用，不宜长期大量服用。两者安全性差异显著，黄药子毒性较山慈菇更为突出，临床使用需格外谨慎。
黄药子与山慈菇虽同为清热解毒类中药，但科属来源、形态特征及药效侧重均不相同。临床应用需严格辨证，根据具体病情选择适宜药物，避免混淆误用。现代药理两者活性成分差异显著，黄药子含二萜类化合物，山慈菇则以酚苷类成分为主，进一步印证了功效差异的物质基础。
