肺炎支原体阴性不能完全排除肺炎。虽然肺炎支原体是引起肺炎的常见病原体之一，但肺炎的病因非常多样。
除了肺炎支原体外，还有细菌如肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌等、病毒如流感病毒、呼吸道合胞病毒等、真菌以及其他非感染性因素如放射性损伤、过敏反应等都可能导致肺炎。即使肺炎支原体检测为阴性，也只是说明不存在肺炎支原体感染，但不能排除其他病原体感染或其他原因导致的肺炎。检测本身也可能存在一定的局限性，比如检测时间不合适、检测方法的敏感度不够高等，都可能导致假阴性结果。
即使患者实际上有肺炎支原体感染，也可能检测不出来。所以，不能单纯依据肺炎支原体阴性这一结果就轻易排除肺炎的可能性，还需要结合患者的临床症状如发热、咳嗽、咳痰、呼吸困难等、体征如肺部啰音等、胸部影像学检查如X线、CT等以及其他相关检查如血常规、C反应蛋白等进行综合判断和分析，以明确是否存在肺炎以及肺炎的具体病因。
对于怀疑肺炎的患者，医生会进行全面而细致的评估。如果肺炎支原体阴性，但患者仍有典型的肺炎症状和体征，医生通常会进一步检查其他可能的病原体，或者根据经验先进行抗感染治疗，同时密切观察病情变化。如果治疗效果不佳，还会考虑其他少见病因或调整治疗方案。肺炎支原体阴性只是诊断中的一个方面，不能作为排除肺炎的唯一依据，需要综合多方面因素来准确诊断肺炎。
