支原体感染的治疗周期通常为1-2周，具体时间需根据病情严重程度、个体差异及药物选择综合判断。轻症患者可能7-10天可痊愈，而合并并发症或耐药情况可能需要延长至14天甚至更久。早期规范用药是缩短疗程的关键因素。
支原体感染首选大环内酯类抗生素如阿奇霉素、克拉霉素，或四环素类如多西环素。儿童及孕妇需谨慎选择药物，例如阿奇霉素对儿童相对安全，而喹诺酮类禁用于妊娠期。治疗期间需完成全程用药，即使症状提前缓解也不应擅自停药，否则易导致耐药性。部分患者可能出现咳嗽迁延不愈，这与支原体引发的免疫反应有关，并非治疗失败，需与医生沟通排除其他病因。免疫功能低下者或合并肺炎时，可能需要静脉用药并住院观察。
治疗期间需避免饮酒及高糖饮食，以免影响药效。定期复查血常规和胸片有助于评估疗效，尤其是出现持续发热或呼吸困难时。密切接触者建议同步筛查，防止交叉感染。注意药物副作用，如阿奇霉素可能引发胃肠道不适，可随餐服用减轻反应。支原体抗体IgM阳性仅提示近期感染，康复后可能持续数月，不能单独作为治疗依据。日常需加强通风消毒，康复期适度锻炼有助于恢复。若疗程结束后症状未完全缓解，需考虑混合感染或非典型病原体可能，进一步检查明确病因。
