HPV病毒目前无法通过药物完全清除，但人体免疫系统可以自行清除大部分感染。约90%的HPV感染会在2年内被免疫系统自然清除，尤其是低危型感染。对于持续感染或高危型HPV，医学手段主要针对病毒引发的病变进行治疗，而非直接消灭病毒本身。
HPV的治疗重点在于处理病毒导致的临床症状。低危型HPV引发的生殖器疣可通过冷冻、激光或药物去除；高危型HPV持续感染引起的宫颈病变，则需根据程度选择LEEP锥切、冷冻治疗或手术切除。预防性HPV疫苗能有效预防特定型别感染，但对已存在的感染无治疗作用。定期宫颈癌筛查如TCT、HPV检测对早期发现病变至关重要，尤其针对HPV16/18等高危型别。
感染HPV后需避免过度焦虑，但不可忽视潜在风险。吸烟、免疫力低下等因素会阻碍病毒清除，应保持健康的生活方式。性行为时使用避孕套可降低传播概率，但无法完全阻断感染。疫苗接种和定期筛查需同步进行，即使已接种疫苗仍需按指南接受宫颈癌筛查。出现异常出血、疣体等症状应及时就医，避免自行用药延误病情。目前尚无特效抗HPV药物，宣称根治HPV的疗法均缺乏科学依据。
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