紫河车作为中药材，具有一定的药理作用，但若使用不当可能存在毒性风险。传统中医认为其性温味甘咸，具有补气养血、益精填髓的功效，但现代未经规范处理的紫河车可能携带病原微生物或残留激素物质，存在潜在安全隐患。
紫河车的毒性主要来源于两方面，一是胎盘组织可能含有乙肝病毒、HIV等血源性病原体，消毒不彻底会导致感染风险；二是胎盘中含有雌激素、孕激素等活性物质，过量摄入可能干扰内分泌系统。国家药典委员会已将紫河车及相关制剂列为慎用药材，要求必须经过严格的病毒灭活处理。部分欧美国家已禁止紫河车入药，世界卫生组织也建议谨慎使用胎盘制品。现代药理学研究发现，紫河车中的某些蛋白质成分可能引发过敏反应，大剂量使用可能导致恶心、眩晕等不良反应。
使用紫河车前需确认药材来源合法且经过专业灭菌处理，避免使用私售或来路不明的制品。孕妇、儿童及肝肾功能不全者应禁用，过敏体质者需进行皮试。服用期间出现皮疹、呕吐等症状应立即停用并就医。紫河车不宜与辛辣燥热食物同食，建议在中医师指导下辨证使用，严格控制剂量和疗程。医疗机构使用紫河车注射剂时需密切监测血压、心率等生命体征。科研数据显示，紫河车经高温炮制后部分活性成分会降解，故生品与制品的用法用量存在显著差异。
