肾结石微创手术的费用通常在1万-3万左右，但这只是一个大致的范围，实际费用会因多种因素而有较大波动。
从手术类型来看，如果是经皮肾镜取石术，由于其操作相对复杂，需要使用特殊的器械建立从皮肤到肾脏的通道来取石，手术费用可能会偏高一些。而且该手术可能会用到一些一次性的耗材，如肾镜鞘、取石网篮等，这些耗材的价格也会影响总体费用。输尿管软镜碎石术相对来说创伤更小，但输尿管软镜本身较为昂贵，如果手术中需要使用一次性的输尿管软镜，也会增加不少费用。另外，不同地区的经济水平差异很大，在一线城市的大型三甲医院，由于医疗资源丰富、技术先进、设备高端，其收费标准往往会高于二三线城市的医院。医院的等级也会对费用产生影响，等级越高的医院，收费可能相对越高。
患者自身的情况也与费用密切相关。如果肾结石的数量较多、体积较大或者位置特殊，手术的难度会增加，可能需要更长的手术时间，更多的麻醉药物，这都会使费用上升。而且术后如果出现并发症，如出血、感染等，需要进一步的治疗，这也会额外增加医疗费用。医保政策也会在很大程度上影响患者实际的自付费用，不同地区的医保报销比例和范围有所不同，有些地区对某些手术耗材或药品可能不予报销或者报销比例较低，这都会使得患者最终承担的费用有所差异。
